Main Page | Namespace List | Class Hierarchy | Class List | Directories | File List | Class Members | File Members

xmenu.h File Reference


#define MAXHELPLENGTH   50000
#define MAXHELPW   2
#define DCOLS   60
#define DNAMES   15
#define DNUMBER   6
#define SCREENMARGIN   10
#define SCOREHEIGHT   50
#define MAXMENU   20
#define MAXCOLORS   16
#define MESSLENGTH   70
#define MESSLINES   10
#define MAXPROMPTLEN   300
#define MULTIPLEM   1
#define PROFILEM   2
#define NEW   1
#define OLD   0
#define HIGHLIGHT   1
#define NORMAL   0
#define MARGIN   1
#define A4   0
#define A3   1
#define USLETTER   2
#define PORTRAIT   1
#define LANDSCAPE   0
#define MAXFINDSTR   20
#define NAMES   0
#define SEQS   1


typedef aln_pos aln_pos
 Part of the ClustalW package.
typedef menu_item menu_item
 Part of the ClustalW package.
typedef color color
 Part of the ClustalW package.
typedef panel_data panel_data
 Part of the ClustalW package.
typedef spanel spanel
 Part of the ClustalW package.
typedef range range
 Part of the ClustalW package.


void x_menu (void)
void ResizeWindowProc (WindoW w)
void shift (Handle a, int dx, int dy)
void swap (float *scores, int s1, int s2)
void sort_scores (float *scores, int f, int l)
void reload_alignment (void)
void DrawPanel (PaneL p)
void resize_multi_window (void)
void resize_prf_window (int numseqs1, int numseqs2)
void position_scrollbars (spanel p)
void color_seqs (void)
void color_prf1 (void)
void color_prf2 (void)
void select_panel (spanel p)
void deselect_panel (spanel p)
void correct_name_bars (Boolean reset)
void correct_seq_bars (Boolean reset)
void load_aln_data (spanel p, int fs, int ls, Boolean reset)
void load_aln (spanel p, int fs, int ls, Boolean reset)
void remove_gap_pos (int fseq, int lseq, int prf_no)
GrouP make_scroll_area (GrouP w, int prf_no, int nwidth, int swidth, int height, int firstseq, int nseqs, spanel *p)
void draw_seq_pointer (PaneL p, int pos, int format)
void draw_names (PaneL p)
void draw_seqs (PaneL p)
void draw_header (PaneL p)
void draw_footer (PaneL p)
void draw_colscores (PaneL p)
void draw_allseqs (PaneL p, int fseq, int lseq)
void draw_nameline (PaneL p, int fseq, int lseq, int format)
void draw_seqline (panel_data data, int seq, PoinT pt, int fcol, int lcol, int format)
void draw_seqcol (PaneL p, int col, int format)
void highlight_seqrange (PaneL p, int fcol, int lcol, int format)
void make_ruler (int length, char *name, char *seq)
void make_consensus (panel_data data, char *name, char *seq)
void make_colscores (panel_data data)
int calc_colscore (sint matrix[NUMRES][NUMRES], int col)
void calc_seg_exceptions (void)
int make_struct_data (int prf_no, int length, char *name, char *seq)
int make_gp_data (int prf_no, int length, char *name, char *seq)
void make_colormask (panel_data data)
void init_color_parameters (char *filename)
char * find_file (char *filename)
void white_on_black (void)
void black_on_white (void)
void text_colors (void)
void data_colors (void)
void switch_mode (void)
void show_segment_exceptions (void)
void check_menus (menu_item m, int mode)
FILE * open_input_file (char *file_name)
void stripspace (char *str)
void set_scorecutoff (BaR bar, GraphiC p, Nlm_Int2 newval, Nlm_Int2 oldval)
void set_lengthcutoff (BaR bar, GraphiC p, Nlm_Int2 newval, Nlm_Int2 oldval)
void set_scorescale (BaR bar, GraphiC p, Nlm_Int2 newval, Nlm_Int2 oldval)
void set_go_penalty (TexT t)
void set_ge_penalty (TexT t)
void set_gap_dist (TexT t)
void set_ntrials (TexT t)
void set_ran_seed (TexT t)
void set_div_seq (TexT t)
void set_pw_go_penalty (TexT t)
void set_pw_ge_penalty (TexT t)
void set_gp (TexT t)
void set_ktuple (TexT t)
void set_topdiags (TexT t)
void set_window (TexT t)
void set_hyd_res (TexT t)
void set_matrix (GrouP g)
void set_dnamatrix (GrouP g)
void set_user_matrix (ButtoN but)
void set_user_dnamatrix (ButtoN but)
int get_user_matrixname (char *usermtrxname, short *usermat, short *aa_xref, int usermatnum, int *matnum, PrompT mattext)
void set_format (GrouP g)
void set_button (ButtoN l, Boolean *value)
void set_toggle (PopuP l, Boolean *value)
void set_pref_penalties (PopuP l)
void set_hyd_penalties (PopuP l)
void set_var_penalties (PopuP l)
void set_endgaps (PopuP l)
void set_align_endgappenalties (PopuP l)
void set_realign_endgappenalties (PopuP l)
void set_case (PopuP l)
void set_snos (PopuP l)
void setRange (PopuP l)
void set_save_paras (PopuP l)
void set_transitions (TexT t)
void set_save_log (IteM i)
void set_neg_matrix (PopuP l)
void set_ambiguities (PopuP l)
void set_aln_mode (PopuP g)
void set_pscroll_mode (ButtoN l)
void set_show_segments (IteM l)
void set_font_size (PopuP g)
void set_residue_exceptions (IteM i)
void set_segment_exceptions (IteM i)
void set_segment_dnascale (BaR bar, GraphiC p, Nlm_Int2 newval, Nlm_Int2 oldval)
void set_fs_toggle (PopuP l)
void set_score_matrix (GrouP g)
void set_segment_matrix (GrouP g)
void set_score_user_matrix (ButtoN but)
void set_segment_user_matrix (ButtoN but)
void set_score_dnamatrix (GrouP g)
void set_segment_dnamatrix (GrouP g)
void set_score_user_dnamatrix (ButtoN but)
void set_segment_user_dnamatrix (ButtoN but)
void set_pagesize (PopuP g)
void set_orientation (PopuP g)
void set_header (PopuP l)
void set_ruler (PopuP l)
void set_curve (PopuP l)
void set_resno (PopuP l)
void set_resize (PopuP l)
void set_fres (TexT t)
void set_lres (TexT t)
void set_fpres (TexT t)
void set_lpres (TexT t)
void set_blocklen (TexT t)
void set_output_clustal (ButtoN l)
void set_output_nbrf (ButtoN l)
void set_output_phylip (ButtoN l)
void set_output_gcg (ButtoN l)
void set_output_gde (ButtoN l)
void set_output_nexus (ButtoN l)
void set_output_pim (ButtoN l)
void set_output_fasta (ButtoN l)
void set_pw_matrix (GrouP g)
void set_pw_dnamatrix (GrouP g)
void set_pw_user_matrix (ButtoN but)
void set_pw_user_dnamatrix (ButtoN but)
void set_output_order (PopuP g)
void set_output_tree_clustal (ButtoN l)
void set_output_tree_phylip (ButtoN l)
void set_output_tree_distances (ButtoN l)
void set_output_tree_nexus (ButtoN l)
void set_inverted (IteM i)
void set_tossgaps (IteM i)
void set_kimura (IteM i)
void set_boot_format (PopuP g)
void set_use_ss1 (PopuP l)
void set_use_ss2 (PopuP l)
void set_helix_gp (TexT t)
void set_strand_gp (TexT t)
void set_loop_gp (TexT t)
void set_terminal_gp (TexT t)
void set_helix_minus (TexT t)
void set_helix_plus (TexT t)
void set_strand_minus (TexT t)
void set_strand_plus (TexT t)
void set_ss_output (ButtoN b)
void set_gp_output (ButtoN b)
void calc_segment_exceptions (IteM i)
void write_ps_file (spanel p, char *ps_file, char *par_file, int pagesize, int orientation, Boolean header, Boolean ruler, Boolean resno, Boolean resize, int first_printres, int last_printres, int blocklen, Boolean show_curve)

Define Documentation

#define A3   1

#define A4   0

#define DCOLS   60

#define DNAMES   15

#define DNUMBER   6

#define HIGHLIGHT   1

#define LANDSCAPE   0

#define MARGIN   1

#define MAXCOLORS   16

#define MAXFINDSTR   20

#define MAXHELPLENGTH   50000

#define MAXHELPW   2

#define MAXMENU   20

#define MAXPROMPTLEN   300

#define MESSLENGTH   70

#define MESSLINES   10

#define MULTIPLEM   1

#define NAMES   0

#define NEW   1

#define NORMAL   0

#define OLD   0

#define PORTRAIT   1

#define PROFILEM   2

#define SCOREHEIGHT   50

#define SCREENMARGIN   10

#define SEQS   1

#define USLETTER   2

Typedef Documentation

typedef struct aln_pos aln_pos

Part of the ClustalW package.

typedef struct color color

Part of the ClustalW package.

typedef struct menu_item menu_item

Part of the ClustalW package.

typedef struct panel_data panel_data

Part of the ClustalW package.

typedef struct range range

Part of the ClustalW package.

typedef struct spanel spanel

Part of the ClustalW package.

Function Documentation

void black_on_white void   ) 

int calc_colscore sint  matrix[NUMRES][NUMRES],
int  col

void calc_seg_exceptions void   ) 

void calc_segment_exceptions IteM  i  ) 

void check_menus menu_item  m,
int  mode

void color_prf1 void   ) 

void color_prf2 void   ) 

void color_seqs void   ) 

void correct_name_bars Boolean  reset  ) 

void correct_seq_bars Boolean  reset  ) 

void data_colors void   ) 

void deselect_panel spanel  p  ) 

void draw_allseqs PaneL  p,
int  fseq,
int  lseq

void draw_colscores PaneL  p  ) 

void draw_footer PaneL  p  ) 

void draw_header PaneL  p  ) 

void draw_nameline PaneL  p,
int  fseq,
int  lseq,
int  format

void draw_names PaneL  p  ) 

void draw_seq_pointer PaneL  p,
int  pos,
int  format

void draw_seqcol PaneL  p,
int  col,
int  format

void draw_seqline panel_data  data,
int  seq,
PoinT  pt,
int  fcol,
int  lcol,
int  format

void draw_seqs PaneL  p  ) 

void DrawPanel PaneL  p  ) 

char* find_file char *  filename  ) 

int get_user_matrixname char *  usermtrxname,
short *  usermat,
short *  aa_xref,
int  usermatnum,
int *  matnum,
PrompT  mattext

void highlight_seqrange PaneL  p,
int  fcol,
int  lcol,
int  format

void init_color_parameters char *  filename  ) 

void load_aln spanel  p,
int  fs,
int  ls,
Boolean  reset

void load_aln_data spanel  p,
int  fs,
int  ls,
Boolean  reset

void make_colormask panel_data  data  ) 

void make_colscores panel_data  data  ) 

void make_consensus panel_data  data,
char *  name,
char *  seq

int make_gp_data int  prf_no,
int  length,
char *  name,
char *  seq

void make_ruler int  length,
char *  name,
char *  seq

GrouP make_scroll_area GrouP  w,
int  prf_no,
int  nwidth,
int  swidth,
int  height,
int  firstseq,
int  nseqs,
spanel p

int make_struct_data int  prf_no,
int  length,
char *  name,
char *  seq

FILE* open_input_file char *  file_name  ) 

void position_scrollbars spanel  p  ) 

void reload_alignment void   ) 

void remove_gap_pos int  fseq,
int  lseq,
int  prf_no

void resize_multi_window void   ) 

void resize_prf_window int  numseqs1,
int  numseqs2

void ResizeWindowProc WindoW  w  ) 

void select_panel spanel  p  ) 

void set_align_endgappenalties PopuP  l  ) 

void set_aln_mode PopuP  g  ) 

void set_ambiguities PopuP  l  ) 

void set_blocklen TexT  t  ) 

void set_boot_format PopuP  g  ) 

void set_button ButtoN  l,
Boolean *  value

void set_case PopuP  l  ) 

void set_curve PopuP  l  ) 

void set_div_seq TexT  t  ) 

void set_dnamatrix GrouP  g  ) 

void set_endgaps PopuP  l  ) 

void set_font_size PopuP  g  ) 

void set_format GrouP  g  ) 

void set_fpres TexT  t  ) 

void set_fres TexT  t  ) 

void set_fs_toggle PopuP  l  ) 

void set_gap_dist TexT  t  ) 

void set_ge_penalty TexT  t  ) 

void set_go_penalty TexT  t  ) 

void set_gp TexT  t  ) 

void set_gp_output ButtoN  b  ) 

void set_header PopuP  l  ) 

void set_helix_gp TexT  t  ) 

void set_helix_minus TexT  t  ) 

void set_helix_plus TexT  t  ) 

void set_hyd_penalties PopuP  l  ) 

void set_hyd_res TexT  t  ) 

void set_inverted IteM  i  ) 

void set_kimura IteM  i  ) 

void set_ktuple TexT  t  ) 

void set_lengthcutoff BaR  bar,
GraphiC  p,
Nlm_Int2  newval,
Nlm_Int2  oldval

void set_loop_gp TexT  t  ) 

void set_lpres TexT  t  ) 

void set_lres TexT  t  ) 

void set_matrix GrouP  g  ) 

void set_neg_matrix PopuP  l  ) 

void set_ntrials TexT  t  ) 

void set_orientation PopuP  g  ) 

void set_output_clustal ButtoN  l  ) 

void set_output_fasta ButtoN  l  ) 

void set_output_gcg ButtoN  l  ) 

void set_output_gde ButtoN  l  ) 

void set_output_nbrf ButtoN  l  ) 

void set_output_nexus ButtoN  l  ) 

void set_output_order PopuP  g  ) 

void set_output_phylip ButtoN  l  ) 

void set_output_pim ButtoN  l  ) 

void set_output_tree_clustal ButtoN  l  ) 

void set_output_tree_distances ButtoN  l  ) 

void set_output_tree_nexus ButtoN  l  ) 

void set_output_tree_phylip ButtoN  l  ) 

void set_pagesize PopuP  g  ) 

void set_pref_penalties PopuP  l  ) 

void set_pscroll_mode ButtoN  l  ) 

void set_pw_dnamatrix GrouP  g  ) 

void set_pw_ge_penalty TexT  t  ) 

void set_pw_go_penalty TexT  t  ) 

void set_pw_matrix GrouP  g  ) 

void set_pw_user_dnamatrix ButtoN  but  ) 

void set_pw_user_matrix ButtoN  but  ) 

void set_ran_seed TexT  t  ) 

void set_realign_endgappenalties PopuP  l  ) 

void set_residue_exceptions IteM  i  ) 

void set_resize PopuP  l  ) 

void set_resno PopuP  l  ) 

void set_ruler PopuP  l  ) 

void set_save_log IteM  i  ) 

void set_save_paras PopuP  l  ) 

void set_score_dnamatrix GrouP  g  ) 

void set_score_matrix GrouP  g  ) 

void set_score_user_dnamatrix ButtoN  but  ) 

void set_score_user_matrix ButtoN  but  ) 

void set_scorecutoff BaR  bar,
GraphiC  p,
Nlm_Int2  newval,
Nlm_Int2  oldval

void set_scorescale BaR  bar,
GraphiC  p,
Nlm_Int2  newval,
Nlm_Int2  oldval

void set_segment_dnamatrix GrouP  g  ) 

void set_segment_dnascale BaR  bar,
GraphiC  p,
Nlm_Int2  newval,
Nlm_Int2  oldval

void set_segment_exceptions IteM  i  ) 

void set_segment_matrix GrouP  g  ) 

void set_segment_user_dnamatrix ButtoN  but  ) 

void set_segment_user_matrix ButtoN  but  ) 

void set_show_segments IteM  l  ) 

void set_snos PopuP  l  ) 

void set_ss_output ButtoN  b  ) 

void set_strand_gp TexT  t  ) 

void set_strand_minus TexT  t  ) 

void set_strand_plus TexT  t  ) 

void set_terminal_gp TexT  t  ) 

void set_toggle PopuP  l,
Boolean *  value

void set_topdiags TexT  t  ) 

void set_tossgaps IteM  i  ) 

void set_transitions TexT  t  ) 

void set_use_ss1 PopuP  l  ) 

void set_use_ss2 PopuP  l  ) 

void set_user_dnamatrix ButtoN  but  ) 

void set_user_matrix ButtoN  but  ) 

void set_var_penalties PopuP  l  ) 

void set_window TexT  t  ) 

void setRange PopuP  l  ) 

void shift Handle  a,
int  dx,
int  dy

void show_segment_exceptions void   ) 

void sort_scores float *  scores,
int  f,
int  l

void stripspace char *  str  ) 

void swap float *  scores,
int  s1,
int  s2

void switch_mode void   ) 

void text_colors void   ) 

void white_on_black void   ) 

void write_ps_file spanel  p,
char *  ps_file,
char *  par_file,
int  pagesize,
int  orientation,
Boolean  header,
Boolean  ruler,
Boolean  resno,
Boolean  resize,
int  first_printres,
int  last_printres,
int  blocklen,
Boolean  show_curve

void x_menu void   ) 

Generated on Fri Aug 11 16:19:42 2006 for GENtle by  doxygen 1.4.1